Нет, сертификация не сохраняется. Но не сертификация Astra Linux (она уже сертифицирована), а «сертификация» вашего вычислительного комплекса. Вы можете использовать сторонние библиотеки и пакеты, однако чтобы пройти аттестацию необходимо будет все эти библиотеки сертифицировать.
Если вы не планируете аттестовать систему/рабочие места, то можете использоваться любое дополнительное ПО.